Институт ведет свою историю с 1948 года, когда была создана «Свердловская спецшкола МГБ СССР». По мере развития и расширения образовательное учреждение реорганизовывалось и в 2007 году преобразовано в «Институт Федеральной службы безопасности Российской Федерации (г. Екатеринбург)».

В период 2010–2013 гг. модернизирована материально-техническая база Института. Были введены в эксплуатацию новые учебные корпуса и общежитие, спорткомплекс с бассейном и стадионом, культурно-досуговый центр. Это позволило расширить перечень образовательных программ: наряду с программами дополнительного образования, в Институте стали доступны программы высшего образования «Информационные системы и технологии» (бакалавриат), «Инфокоммуникационные технологии и системы связи» (бакалавриат и магистратура) и «Информационная безопасность» (магистратура).

В настоящее время Институт ведет образовательную деятельность по программам высшего и дополнительного профессионального образования, а также осуществляет научную работу.